Après la mort du président Melchior Ndadaye, Félicien Gatabazi a rencontré le président de la République à l’Hôtel Urugwiro par deux fois. Félicien Gatabazi a été tué, dans la nuit du 21 au 22 février 1994 en rentrant d’une réunion à l’Hôtel Méridien à laquelle il avait été convié par les dirigeants du FPR, Faustin Twagiramungu du MDR et Frédéric Nzamurambaho du PSD et Landoald Ndasingwa du PL. Il était rentré chez lui sans pouvoir s’accorder avec ses partenaires. Arrivé chez lui, il a été convaincu par téléphone qu’il devait revenir à la table de discussions. L’accord était introuvable. Le plan d’exécution a ensuite été mis en place. F. Gatabazi sera assassiné de retour chez lui (L.Nduwayo, 2002, p.143) :

Quelques minutes avant d’arriver chez lui tout près de la discothèque Kigali Night vers 20 heures 5 minutes, deux véhicules se sont garés devant son domicile, les feux éteints. A 20 heures 15 minutes, un troisième véhicule, un pick-up de la MINUAR (Mission des Nations Unies d’Assistance pour le Rwanda), est arrivé presque en même temps que la voiture personnelle de Gatabazi qui était seul au volant sans garde du corps. Plusieurs coups de feu sont aussitôt tirés et Gatabazi fut abattu de plusieurs balles.

Le Lt Général Dallaire donne une autre version, prétendant qu’il aurait été assassiné par des hommes du régime Habyarimana :

Félicien Gatabazi, qui habitait près de chez nous, avait été victime d’une embuscade et était blessé. Il haletait et devait souffrir énormément. Il avait réussi à rentrer chez lui et demandait à Brent d’envoyer de l’aide. Brent a aussitôt appelé le quartier général, a rapporté la fusillade et s’est assuré que l’on me transmettait le message(…). De Kant, Troute et moi nous sommes dépêchés de revenir vers la maison où nous sommes arrivés en même temps qu’une section de soldats belges. Dès que nous avons su que Brent allait bien, nous avons entrepris une fouille des environs. Sur la route, derrière la maison, nous avons trouvé une limousine criblée de balles. Les corps des deux gendarmes - l’escorte du politicien - gisaient à côté de l’auto et baignaient dans leur sang. Par la suite, nous avons appris que Gatabazi avait succombé à ses blessures peu de temps après le coup de téléphone à Brent.

Cette version suscite quelques interrogations : Félicien Gatabazi était gardé par des gendarmes, c’est-à-dire des hommes supposés appartenir à l’armée gouvernementale. Le fait d’insinuer que Gatabazi aurait été tué par des hommes du régime tout en liquidant les deux gendarmes, n’est pas crédible. L’on peut s’étonner aussi que Roméo Dallaire et ses collaborateurs ayant eux-mêmes entrepris des recherches se soient contentés de passer « derrière la maison ». Pourquoi ne sont-ils pas rentrés dans la maison de Gatabazi pour constater son décès ? Par qui l’ont-ils « appris » ?

Lorsque le Colonel Elie Sagatwa a téléphoné au président de la République pour lui annoncer la mort de Félicien Gatabazi, Juvénal Habyarimana a tout de suite répondu : « Je sais pourquoi il a été tué ». Sans doute F. Gatabazi avait-il refusé de cautionner le plan de liquider Juvénal Habyarimana, la seule voie pour le FPR de parvenir au pouvoir. Une semaine auparavant, lors d’un meeting au stade Huye (à Butare), Gatabazi qui a manqué là, l’occasion de se taire, a déclaré : « notre parti n'a jamais accepté de se mettre sous la coupe du MRND, n’acceptera jamais de se mettre sous la tutelle du FPR ». La rupture avec le FPR était définitive. Ce meeting avait été marqué par des absences remarquées de Frédéric Nzamurambaho, de Me Félicien Ngango et du Dr Théoneste Gafaranga, membres éminents du PSD.

Félicien Gatabazi avait rencontré la dernière fois le président de la République en compagnie de Frédéric Nzamurambaho, le président du PSD. En effet, le PSD a toujours financé le FRODEBU. Celui-ci était dirigé par des intellectuels burundais qui avaient fait leurs études ou enseignaient à l’Université Nationale du Rwanda à Butare. L’on sait que Butare est le fief du PSD et que les relations des intellectuels burundais étaient bien implantées dans Butare. La mort du président Ndadaye a fortement secoué Félicien Gatabazi qui depuis lors a cherché à rompre avec le FPR, parce qu’il voyait là, la preuve de la duplicité du FPR. C’est ainsi qu’il a cherché à voir le président Habyarimana, qui lui-même avait soutenu le FRODEBU à travers le MRND, mais par l’intermédiaire de Félicien Gatabazi. Le FPR aurait constaté le revirement de son allié des FDC (Forces Démocratiques de Changement) et aurait planifié sa liquidation.

L’assassinat de Félicien Gatabazi a été dans un premier temps attribué au président Habyarimana. C’est dans cette confusion que Martin Bucyana, président de la CDR fut assassiné le jour suivant. L’attentat fut présenté comme une forme de représailles par les abakombozi pour venger leur leader. Ceux-ci avaient dressé un barrage de protestation dans la commune Mbazi contre l’assassinat de Félicien Gatabazi. Martin Bucyana rentrait à Kigali en provenance de Cyangugu en compagnie de son frère. Ils se firent lyncher à 6 km de la ville de Butare par des jeunes Tutsi – leurs noms ont été cités par le parquet de Butare –  qui se disaient appartenir au PL (I. Carlsson et al., 2000). Mais ceux-ci agissaient en réalité pour le compte du FPR dans la région de Butare. Cet attentat a été exécuté  sous l’instigation d’un commerçant Tutsi de Butare, Bihira, qui possédait une station d’essence dans les environs. Avant de mourir, Martin Bucyana a subi d’ignobles sévices. Ancien Ministre du président Habyarimana, il était président du parti le plus farouche contre le FPR et ne cachait pas travailler dans le sillage de Jean Barahinyura, le repenti qui avait démissionné du FPR après avoir déclaré qu’il s’était trompé d’ennemi et de combat. Lorsque Martin Bucyana a été assassiné, les personnes identifiées comme appartenant à la mouvance présidentielle à Butare ont été menacées. Par les assassinats, le FPR avait espéré provoquer les massacres interethniques dans tout le Rwanda, en vain.